Les Mycobactéries non tuberculeuses (MNT), également appelées mycobactéries atypiques, sont omniprésentes dans la nature, dans l’eau et sur les surfaces [1]. Depuis quelques années, les MNT ont fait l’objet d’une attention particulière en raison de leur fréquence et de leur pathogénicité chez les patients atteints de mucoviscidose (fibrose cystique, FC) [2]. Il y a quelques dizaines d’années encore, les MNT étaient considérées comme une flore commensale inoffensive chez les patients atteints de FC [3]. Aujourd’hui en revanche, il devient de plus en plus évident que les MNT sont la cause d’infections pulmonaires chez les patients atteints de FC, et que ces infections vont de pair avec une morbidité et une mortalité accrue [4]. La prévalence rapportée de MNT chez les patients atteints de FC est de 7 à 13%, selon les études [1-3, 5]. En Europe c’est le M. abscessus qui est l’espèce la plus fréquemment retrouvée chez les patients atteints de FC, alors qu’aux Etats-Unis, c’est le complexe M. avium-intracellulare (MAC) qui est le plus fréquemment détecté [1]. L’espèce M. abscessus peut être subdivisée en trois sous-espèces : M. abscessus subsp. abscessus, M. abscessus subsp. massiliense et M. abscessus subsp. bolletii [5].

Le traitement des infections à MNT est un véritable défi, étant donné qu’elles sont intrinsèquement résistantes aux tuberculostatiques classiques (isoniazide, éthambutol et rifampicine), mais aussi à beaucoup d’autres antibiotiques [6]. Le traitement standard comprend un macrolide (azitromycine ou claritromycine) combiné à un aminoglycoside (généralement de l’amikacine) [6]. Des tests de sensibilité sont indiqués, étant donné qu’on rencontre souvent des résistances acquises aux antibiotiques susnommés [1].

En ce qui concerne la source de l’infection ou de la colonisation des patients atteints de FC par des MNT, il existe encore un certain débat dans la littérature scientifique, et de nombreuses études ont été menées ces dernières années. Au départ, les études démontraient que les patients atteints de FC avaient été infectés par des souches phylogénétiquement séparées, ce qui plaidait pour une acquisition à partir de l’environnement.

En 2012, Aitken et al. ont suggéré pour la première fois une transmission inter-humaine de MNT chez des patients atteints de FC [7]. Cette étude décrit 5 patients FC suivis dans un même centre à Seattle (Washington, USA) [7]. Ils étaient tous infectés par des souches de M. abscessus subsp. massiliense multi-résistantes et ne pouvaient en outre pas être distinguées par des techniques phylogénétiques {Repetitive element sequence-based PCR (rep-PCR) et  électrophorèse en champ pulsé (ECP)}.

Un an plus tard, Bryant et al. rapportèrent une analyse de séquençage de génome entier sur 168 isolats de MNT prélevés chez 31 patients atteints de FC au Royaume-Uni, dans un centre qui observait des mesures strictes d’hygiène dans le but de prévenir la transmission de germes entre les patients [8]. Leur principale découverte fut que la différence génétique, exprimée en polymorphismes singuliers de nucléotides (SNP), était dans certains cas plus faible entre deux isolats M. abscessus subsp. massiliense prélevés chez deux patients différents que celle qui existe entre deux isolats prélevés sur un même patient, ce qui suggère une transmission inter-humaine ou l’acquisition de ces MNT à partir d’une source commune.

En 2014, une étude publiée par Harris et al. rapportait une analyse par caractérisation d’un nombre variable de séquences répétées en tandem (VNTR) effectuée sur des isolats de MNT prélevés chez 12 patients pédiatriques [9]. Cette étude n’a pas conclu à une transmission inter-humaine dans ce centre.

Plusieurs questions restent donc ouvertes, même s’il semble aujourd’hui généralement admis que des clusters épidémiques peuvent survenir chez des patients FC suivis dans un même centre de soins. Nous savons que la transmission interhumaine de Mycobacterium tuberculosis est notamment facilitée par la charge bactérienne du patient vecteur et la proximité entre le patient infectieux et le patient infectant. Les études rapportées ne donnent que très peu d’indication sur la concentration bactérienne retrouvée chez les patients infectés ou colonisés par des MNT. Nous savons, par notre pratique clinique, que certains patients présentent des concentrations très importantes (examen microscopique direct fortement positif), alors que chez d’autres, les MNT ne sont retrouvées que par des techniques beaucoup plus sensibles (culture).

Par ailleurs, le fait que M. abscessus subsp. massiliense ait été rapportée dans plusieurs études pourrait faire penser que cette sous-espèce présente des caractéristiques intrinsèques facilitant la transmission inter-humaine. Cependant, il n’existe encore aucun élément scientifique permettant de prouver cette hypothèse.

D’une manière générale, les études suggérant la présence de foyers épidémiques ont rapporté un nombre restreint de patients et d’isolats de MNT. Il est donc essentiel que les centres dédiés aux FC collaborent ensemble et qu’une base de données soit créée (à l’échelle nationale et internationale) pour que les centres dédiés aux FC puissent créer des synergies et répondre aux questions actuellement restées ouvertes.

Enfin, ces études ont utilisé des méthodologies très différentes pour rechercher un lien phylogénétique éventuel entre les souches de MNT (SGE, ECP, REP-PCR, VNTR…), ce qui pourrait expliquer une partie des résultats discordants rapportés.

En conclusion, les MNT sont à considérer comme des pathogènes relativement fréquents chez les patients atteints de CF, et ils doivent donc être recherchés systématiquement chez les patients présentant une altération de leur état sans autre explication. Par ailleurs, étant-donné qu’il existe un certain niveau d’évidence par rapport à une transmission interhumaine de MNT chez les patients atteints de CF, il convient d’appliquer des mesures d’hygiène hospitalière adaptées. 

Références

1. Qvist, T., et al., Shifting paradigms of nontuberculous mycobacteria in cystic fibrosis. Respir Res, 2014. 15: p. 41.

2. Martiniano, S.L. and J.A. Nick, Nontuberculous mycobacterial infections in cystic fibrosis. Clin Chest Med, 2015. 36(1): p. 101-15.

3. Leung, J.M. and K.N. Olivier, Nontuberculous mycobacteria in patients with cystic fibrosis. Semin Respir Crit Care Med, 2013. 34(1): p. 124-34.

4. Griffith, D.E., et al., An official ATS/IDSA statement: diagnosis, treatment, and prevention of nontuberculous mycobacterial diseases. Am J Respir Crit Care Med, 2007. 175(4): p. 367-416.

5. Sermet-Gaudelus, I., et al., Mycobacterium abscessus and children with cystic fibrosis. Emerg Infect Dis, 2003. 9(12): p. 1587-91.

6. Nessar, R., et al., Mycobacterium abscessus: a new antibiotic nightmare. J Antimicrob Chemother, 2012. 67(4): p. 810-8.

7. Aitken, M.L., et al., Respiratory outbreak of Mycobacterium abscessus subspecies massiliense in a lung transplant and cystic fibrosis center. Am J Respir Crit Care Med, 2012. 185(2): p. 231-2.

8. Bryant, J.M., et al., Whole-genome sequencing to identify transmission of Mycobacterium abscessus between patients with cystic fibrosis: a retrospective cohort study. Lancet, 2013. 381(9877): p. 1551-60.

9. Harris, K.A. and D.T. Kenna, Mycobacterium abscessus infection in cystic fibrosis: molecular typing and clinical outcomes. J Med Microbiol, 2014. 63(Pt 10): p. 1241-6.