![\"\"](\"http:\/\/www.nosoinfo.be\/nosoinfos\/wp-content\/uploads\/2021\/06\/Serratia-marcescens-750x252.jpg\")
<\/p>\n<\/p>\n
Serratia marcescens<\/i> est une bact\u00e9rie pathog\u00e8ne opportuniste, occasionnellement responsable d\u2019\u00e9pid\u00e9mies d\u2019infections nosocomiales dans des services critiques, en particulier dans les unit\u00e9s de soins intensifs n\u00e9onataux (NICU) (1-7)<\/sup>. Dans une \u00e9tude multicentrique europ\u00e9enne sur les infections nosocomiales chez les patients p\u00e9diatriques, S. marcescens <\/i>s\u2019est av\u00e9r\u00e9 \u00eatre responsable de 15% des infections nosocomiales \u00e0 culture positive dans les NICU (8)<\/sup>. Les nouveau-n\u00e9s admis dans les NICU pr\u00e9sentent un risque accru de contracter une infections nosocomiale en raison de l\u2019immaturit\u00e9 de leur syst\u00e8me immunitaire et des interventions m\u00e9dicales qu\u2019ils doivent subir (1, 9)<\/sup>. Les facteurs de risque pour les infections \u00e0 S. marcescens<\/i> sont un faible poids \u00e0 la naissance (< 1 500 g), la pr\u00e9maturit\u00e9 (< 37 semaines), une dur\u00e9e du s\u00e9jour prolong\u00e9e, la respiration artificielle et l\u2019utilisation d\u2019antibiotiques (2, 3)<\/sup>. Les nouveau-n\u00e9s peuvent \u00eatre colonis\u00e9s \u00e0 long terme malgr\u00e9 une antibioth\u00e9rapie ad\u00e9quate, principalement au niveau des muqueuses gastro-intestinales et respiratoires (10). Une mise en \u0153uvre rigoureuse des mesures de pr\u00e9vention des infections est donc tr\u00e8s importante dans le milieu hospitalier (4, 6)<\/sup>.<\/p>\n L\u2019identification rapide des patients colonis\u00e9s et infect\u00e9s, suivie par une mise en \u0153uvre cibl\u00e9e de mesures de pr\u00e9vention des infections, est essentielle pour arr\u00eater la propagation de Le but de cette \u00e9tude est de d\u00e9crire une \u00e9pid\u00e9mie (2018-2019) de S. marcescens<\/i> dans les soins intensifs n\u00e9onataux de notre h\u00f4pital et de discuter des mesures qui ont contribu\u00e9 \u00e0 son contr\u00f4le. \u00c0 des fins de comparaison, des isolats de pr\u00e9c\u00e9dentes \u00e9pid\u00e9mies suspect\u00e9es au sein des NICU et d\u2019h\u00e9mocultures pr\u00e9lev\u00e9s chez des adultes (\u00e0 titre d\u2019\u00e9chantillons de contr\u00f4le) ont \u00e9t\u00e9 inclus.\u00a0<\/span><\/p>\n Des liens phylog\u00e9n\u00e9tiques entre les diff\u00e9rents isolats bact\u00e9riens inclus ont \u00e9t\u00e9 analys\u00e9s par la technique du WGS afin d\u2019\u00e9valuer son potentiel dans les enqu\u00eates sur les foyers \u00e9pid\u00e9miques.\u00a0<\/span><\/p>\n L\u2019UZ Brussel est un h\u00f4pital tertiaire de plus de 700 lits. Le service de n\u00e9onatalogie comprend une unit\u00e9 de soins intensifs (NICU) de 16 lits et une unit\u00e9 de soins non intensifs de 11 lits. Le d\u00e9partement compte environ 350 admissions chaque ann\u00e9e. L\u2019unit\u00e9 de soins intensifs est divis\u00e9e en deux salles, accueillant chacune huit patients (Fig. 1). L\u2019unit\u00e9 de soins non intensifs est s\u00e9par\u00e9e de l\u2019unit\u00e9 de soins intensifs, mais les soins dans les deux unit\u00e9s sont assur\u00e9s par la m\u00eame \u00e9quipe de soignants.<\/p>\n Figure 1 repr\u00e9sentation du service de n\u00e9onatologie du Universitair Ziekenhuis Brussel. Les surfaces environnementales o\u00f9 les isolats de S. marcescens ont \u00e9t\u00e9 isol\u00e9s sont indiqu\u00e9es en rouge (n=4).<\/i><\/p>\n <\/p>\n <\/p>\n <\/p>\n <\/p>\n <\/p>\n <\/p>\n 2.2 Patients et \u00e9chantillons<\/b><\/p>\n En routine, aucune culture de surveillance n\u2019est r\u00e9alis\u00e9e au sein des NICU, les pr\u00e9l\u00e8vements de d\u00e9pistage (oraux et rectaux) et des \u00e9chantillons environnementaux n\u2019\u00e9tant r\u00e9alis\u00e9s qu\u2019en cas (de suspicion) d\u2019\u00e9pid\u00e9mie. Les pr\u00e9l\u00e8vements pour culture microbiologique de surveillance sont r\u00e9alis\u00e9s par frottis ESwab\u00ae (Copan, Brescia, Italie). L\u2019\u00e9tude se composait de plusieurs sous-groupes.<\/p>\n \u2022 Isolats de patients de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie dans les NICU en 2018-2019 (n=36) : \u2022 Isolats environnementaux de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie au sein des NICU en 2018-2019 (n=4)<\/p>\n \u2022 Isolats de patients provenant de deux \u00e9pid\u00e9mies suspect\u00e9es pr\u00e9c\u00e9dentes au sein des NICU :\u00a0 \u2022 Tous les isolats d\u2019h\u00e9mocultures S. marcescens<\/i> pr\u00e9lev\u00e9s chez des adultes en 2019 (n=8) ont \u00e9t\u00e9 inclus afin de\u00a0d\u00e9terminer une extension \u00e9ventuelle de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie \u00e0 l\u2019\u00e9chelle de l\u2019h\u00f4pital.<\/p>\n Un seul isolat par patient a \u00e9t\u00e9 analys\u00e9, \u00e0 l\u2019exception d\u2019un\u00a0adulte ayant pr\u00e9sent\u00e9 deux \u00e9pisodes de bact\u00e9ri\u00e9mie \u00e0\u00a0sept mois d\u2019intervalle. L\u2019approbation de l\u2019\u00e9tude a \u00e9t\u00e9 obtenue aupr\u00e8s du Comit\u00e9 d\u2019\u00e9thique m\u00e9dicale local de l\u2019UZ\u00a0Brussel (NUB 1432020000001).<\/p>\n 2.3 S\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome entier<\/b><\/p>\n L\u2019ADN g\u00e9nomique a \u00e9t\u00e9 extrait des isolats de S. marcescens <\/i>\u00e0 l\u2019aide du kit de purification Maxwell RSC Cell DNA sur l\u2019instrument Maxwell RSC (Promega Corporation, Madison, Wisconsin, \u00c9tats-Unis). La fragmentation de l\u2019ADN g\u00e9nomique a \u00e9t\u00e9 r\u00e9alis\u00e9e avec le module NEBNext\u00ae Ultra™ II FS. Les biblioth\u00e8ques de s\u00e9quen\u00e7age, avec une taille d\u2019insert moyenne de 550 pb (longueur de lecture 2×250), ont \u00e9t\u00e9 pr\u00e9par\u00e9es avec le kit KAPA Hyper plus (Kapa Biosystems, Wilmington, Massachusetts, \u00c9tats-Unis) et une s\u00e9lection de taille Pippin Prep. Pour \u00e9viter le biais PCR, aucune \u00e9tape d\u2019amplification par PCR n\u2019a \u00e9t\u00e9 effectu\u00e9e et un input d\u2019ADN g\u00e9nomique de 500 ng a \u00e9t\u00e9 utilis\u00e9. Apr\u00e8s pooling \u00e9quimolaire, les biblioth\u00e8ques ont \u00e9t\u00e9 s\u00e9quenc\u00e9es avec un instrument Novaseq 6000 (Ilumina, San Diego, Californie, \u00c9tats-Unis) en utilisant une cellule \u00e0 flux continu de type SP avec 500 cycles. \u00c0 cette fin, la biblioth\u00e8que a \u00e9t\u00e9 d\u00e9natur\u00e9e et dilu\u00e9e conform\u00e9ment aux instructions du fabricant. Une biblioth\u00e8que de contr\u00f4le PhiX \u00e0 1 % a \u00e9t\u00e9 incluse dans chaque s\u00e9quen\u00e7age. La qualit\u00e9 de la s\u00e9quence a \u00e9t\u00e9 d\u00e9termin\u00e9e \u00e0 l\u2019aide du logiciel FastQC (version 0.11.4) (https:\/\/www.bioinformatics.babraham.ac.uk\/projects\/fastqc\/). L\u2019assemblage \u00ab De novo \u00bb a \u00e9t\u00e9 r\u00e9alis\u00e9 avec l\u2019assembleur de g\u00e9nome SPAdes (http:\/\/bioinf.spbau.ru\/spades).<\/p>\n 2.4 Analyse wgMLST<\/b><\/p>\n Les donn\u00e9es de s\u00e9quen\u00e7age ont \u00e9t\u00e9 analys\u00e9es \u00e0 l\u2019aide du sch\u00e9ma du typage de s\u00e9quences multifocales \u00e0 g\u00e9nome entier (wgMLST) pour S. marcescens<\/i> disponible dans BioNumerics version 7.6.3 (Applied Math, Biom\u00e9rieux, Belgique). Ce sch\u00e9ma se compose de 9 377 loci (6)<\/sup>. Deux algorithmes d\u2019assemblage ont \u00e9t\u00e9 utilis\u00e9s pour la d\u00e9nomination d\u2019all\u00e8les, \u00e0 savoir l\u2019approche k-mer \u00ab sans assemblage \u00bb utilisant des lectures brutes et l\u2019approche BLAST \u00ab bas\u00e9e sur l\u2019assemblage \u00bb. Les param\u00e8tres par d\u00e9faut ont \u00e9t\u00e9 utilis\u00e9s pour les deux approches La qualit\u00e9 des jeux de lectures de s\u00e9quences, des assemblages \u00ab de novo \u00bb, des d\u00e9nominations d\u2019all\u00e8les \u00ab sans assemblage \u00bb et \u00ab bas\u00e9es sur l\u2019assemblage \u00bb a \u00e9t\u00e9 v\u00e9rifi\u00e9e \u00e0 l\u2019aide de la fen\u00eatre des statistiques dans BioNumerics. Des arbres couvrants minimums (minimum spanning trees) ont \u00e9t\u00e9 r\u00e9alis\u00e9s avec les profils all\u00e9liques wgMLST servant de donn\u00e9es d\u2019entr\u00e9e dans BioNumerics. La longueur des ramifications refl\u00e8te la diff\u00e9rence de nombre d\u2019all\u00e8les entre les isolats dans les n\u0153uds. La distance maximale entre les nodules pour parler de regroupement a \u00e9t\u00e9 fix\u00e9e \u00e0 19 (6)<\/sup>.<\/p>\n 3.1 Enqu\u00eates sur les foyers \u00e9pid\u00e9miologiques<\/b><\/p>\n En avril 2019, le service d\u2019hygi\u00e8ne hospitali\u00e8re a \u00e9t\u00e9 alert\u00e9 apr\u00e8s que S. marcescens<\/i> ait \u00e9t\u00e9 isol\u00e9 la m\u00eame semaine dans les \u00e9chantillons de trois nouveau-n\u00e9s des NICU (h\u00e9mocultures, n=2; aspiration bronchique, n=1). D\u2019apr\u00e8s la pr\u00e9valence de Une enqu\u00eate sur les foyers \u00e9pid\u00e9miques a alors \u00e9t\u00e9 initi\u00e9e. La d\u00e9finition des cas a \u00e9t\u00e9 d\u00e9crite comme tous les nouveau-n\u00e9s admis au sein des NICU depuis ao\u00fbt 2018, infect\u00e9s\/colonis\u00e9s par S. marcescens<\/i> (Fig. 2).<\/p>\n Figure 2 : Courbe \u00e9pid\u00e9mique (incidence mensuelle) de l\u2019infection\/ colonisation \u00e0 S. marcescens dans les NICU du Universitair Ziekenhuis Brussel (mai 2018-mars 2020 ; n=36).\u00a0<\/span><\/i><\/p>\n <\/p>\n <\/p>\n <\/p>\n <\/p>\n <\/p>\n <\/p>\n Les fl\u00e8ches indiquent le moment o\u00f9 les mesures de pr\u00e9vention des infections ont \u00e9t\u00e9 mises en \u0153uvre.<\/p>\n Les couleurs des carr\u00e9s correspondent aux couleurs des diff\u00e9rents clusters de propagation, comme illustr\u00e9 \u00e0 la Fig. 3 ; les carr\u00e9s blancs sont des cas qui ne rel\u00e8vent pas de l\u2019un des clusters de propagation. Les nombres dans les carr\u00e9s indiquent les lits dans lesquels des nouveau-n\u00e9s \u00e9taient admis au moment du pr\u00e9l\u00e8vement des \u00e9chantillons.\u00a0<\/span><\/p>\n Entre ao\u00fbt 2018 et mars 2020, 36 nouveau-n\u00e9s hospitalsi\u00e9 dans l\u2019unit\u00e9 NICU ont \u00e9t\u00e9 infect\u00e9s\/colonis\u00e9s par S. marcescens<\/i>. G\u00e9ographiquement, ils se situaient dans des lits diff\u00e9rents et m\u00eame dans des parties diff\u00e9rentes du service (voir Figure 1, le service est divis\u00e9 en deux salles) au moment de la premi\u00e8re culture positive (Fig. 2). Cela a conduit \u00e0 l\u2019hypoth\u00e8se<\/b> d\u2019une source commune \u00e0 partir de l\u2019environnement et\/ou d\u2019une transmission entre les nouveau-n\u00e9s par les (mains des) prestataires de soins et des parents.<\/p>\n Des \u00e9chantillons ont \u00e9t\u00e9 pr\u00e9lev\u00e9s sur les surfaces environnementales suivantes : gel \u00e0 ultrasons (n=1) ; filtres pour robinets de bain (n=4) ; filtres pour pommeaux de douche (n=4) ; t\u00eate de douche (n=1) ; \u00e9vacuation de baignoires (n=4) ; \u00e9vacuation de lavabos (n=6) ; thermom\u00e8tre (n=1) ; savon pour les mains (n=2) ; huile de nettoyage (n=2) ; incubateurs (n =4) tire-lait (n=6) ; si\u00e8ges (n=12) ; coussin de soin (n=1) ; balance pour b\u00e9b\u00e9 (n=1) ; bo\u00eete de lingettes d\u00e9sinfectantes (n=2) ; surfaces en chambres d\u2019isolement (n=20) ; surfaces \u00e0 contact \u00e9lev\u00e9 du r\u00e9frig\u00e9rateur \u00e0 lait (n=3) ; et du cong\u00e9lateur (n=2) ; bouteille de lait pour nouveau-n\u00e9s colonis\u00e9e par S. marcescens<\/i> (n=1) ; lait en poudre pour enrichissement du lait maternel (n=1)<\/p>\n Quatre \u00e9chantillons environnementaux se sont av\u00e9r\u00e9s positifs \u00e0 S. marcescens <\/i>(Fig. 1) :\u00a0<\/span><\/p>\n \u2022 L\u2019\u00e9vacuation du lavabo dans la salle A (\u00e9chantillon 09\/10\/2019) Au total, 63 isolats de S. marcescens<\/i> (patients, n=59 ; environnement, n=4) ont \u00e9t\u00e9 inclus pour l\u2019analyse WGS et wgMLST. Sur cette base, cinq clusters ont \u00e9t\u00e9 distingu\u00e9s (Fig. 3).<\/p>\n L\u2019\u00e9pid\u00e9mie soup\u00e7onn\u00e9e en 2018-2019 semble se composer de trois clusters s\u00e9par\u00e9s. Le cluster 1 <\/b>\u00e9tait compos\u00e9 de 24 isolats (patients, n=21 ; environnement, n=3), variant de 0 \u00e0 13 all\u00e8les. Les isolats environnementaux ont \u00e9t\u00e9 trouv\u00e9s au niveau de l\u2019\u00e9vacuation du lavabo dans la salle A et de la balance et de l\u2019\u00e9vacuation de la baignoire dans la salle B. Le cluster 2<\/b> \u00e9tait compos\u00e9 d\u2019isolats de deux patients et d\u2019un isolat trouv\u00e9 au niveau de l\u2019\u00e9vacuation du lavabo dans la chambre d\u2019isolement 1. Les isolats de ce cluster ne variaient que de 0 \u00e0 1 all\u00e8le. Il convient de noter que les deux patients avaient s\u00e9journ\u00e9 simultan\u00e9ment au sein des NICU, mais n\u2019avaient pas \u00e9t\u00e9 admis dans cette chambre d\u2019isolement pendant leur s\u00e9jour. Le cluster 3 \u00e9tait compos\u00e9 de neuf isolats de patient, variant de 0 \u00e0 8 all\u00e8les. Aucun des \u00e9chantillons environnementaux n\u2019a pu \u00eatre li\u00e9 \u00e0 ce groupe. Les souches de S. marcescens trouv\u00e9es dans des \u00e9chantillons pr\u00e9lev\u00e9s apr\u00e8s le 25 d\u00e9cembre 2019 (patients, n = 3) \u00e9taient significativement diff\u00e9rentes des souches \u00e9pid\u00e9miques et entre elles, ce qui indique que l\u2019\u00e9pid\u00e9mie avait cess\u00e9.\u00a0<\/span><\/p>\n Les isolats de S. marcescens<\/i> d\u2019h\u00e9mocultures pr\u00e9lev\u00e9es chez des adultes (n=8) n\u2019ont pas pu \u00eatre li\u00e9s entre eux, ni \u00e0 l\u2019une des souches \u00e9pid\u00e9miques des NICU. Les patients adultes \u00e9taient admis dans six services diff\u00e9rents.\u00a0<\/span><\/p>\n Une l\u00e9g\u00e8re augmentation de la pr\u00e9valence de S. marcescens <\/i>dans les NICU \u00e0 la fin de 2016-au d\u00e9but de 2017 semble indiquer une \u00e9pid\u00e9mie, mais les trois isolats de 2017 inclus n\u2019ont pas pu \u00eatre li\u00e9s l\u2019un \u00e0 l\u2019autre, ni \u00e0 l\u2019une des souches \u00e9pid\u00e9miques.<\/p>\n En 2014, deux clusters ont pu \u00eatre distingu\u00e9s : le cluster 4<\/b> avec sept isolats de patient (diff\u00e9rence dans le nombre d\u2019all\u00e8les : 0-2) et un cluster 5<\/b> plus petit avec deux isolats de patient qui n\u2019ont pas pu \u00eatre distingu\u00e9s l\u2019un de l\u2019autre avec wgMLST. Trois isolats NICU de 2015 n\u2019\u00e9taient pas li\u00e9s \u00e0 l\u2019une ou l\u2019autre des souches \u00e9pid\u00e9miques, ni entre elles.<\/p>\n S. marcescens<\/i> a principalement caus\u00e9 une colonisation au cours de ces \u00e9pid\u00e9mies, seule une minorit\u00e9 de patients pr\u00e9sentant une infection [cluster 1, 7\/21 patients (33 %) ; cluster 2, 1\/2 (50 %) ; cluster 3, 2\/9 (22 %) ; cluster 4, 2\/7 (29 %) ; cluster 5, 0\/2 (0 %)]. Il s\u2019agissait principalement d\u2019infections respiratoires (n=7), mais aussi de bact\u00e9ri\u00e9mies (n=4) et d\u2019une infection du syst\u00e8me nerveux central (n=1). Au total, trois patients appartenant aux clusters \u00e9pid\u00e9miques \u00e0 la suite de l\u2019infection par S. marcescens <\/i>sont d\u00e9c\u00e9d\u00e9s (un de chacun des clusters suivants : 1, 3 et 4). \u00c0 titre de comparaison, la pr\u00e9sence de S. marcescens<\/i> chez les nouveau-n\u00e9s qui n\u2019appartenaient pas \u00e0 un cluster \u00e9pid\u00e9mique (n=10) \u00e9tait dans autant de cas due \u00e0 une colonisation qu\u2019\u00e0 une infection. Dans ce groupe \u00e9galement, il s\u2019agissait g\u00e9n\u00e9ralement d\u2019une infection respiratoire (n=3), \u00e0 c\u00f4t\u00e9 de la bact\u00e9ri\u00e9mie (n=1) et d\u2019une infection des voies urinaires (n=1). Aucun d\u00e9c\u00e8s n\u2019a \u00e9t\u00e9 observ\u00e9 dans ce groupe.<\/p>\n Figure 3 arbre couvrant minimum pour tous les isolats de S. marcescens (n=63), avec mention de l\u2019ann\u00e9e d\u2019isolement.\u00a0<\/span><\/i><\/p>\n <\/p>\n <\/p>\n <\/p>\n <\/p>\n <\/p>\n <\/p>\n <\/p>\n Graphique : Adulte \/ environnement \/ n\u00e9onatal 3.2 Mesures de pr\u00e9vention et de contr\u00f4le des infections<\/b><\/p>\n Le Service de pr\u00e9vention des infections a observ\u00e9 d\u2019un regard critique les proc\u00e9dures des prestataires de soins de sant\u00e9 internes et externes (y compris les physioth\u00e9rapeutes, les \u00e9chographistes). Le personnel des NICU et les prestataires de soins externes n\u2019ont pas toujours appliqu\u00e9 les recommandations d\u2019hygi\u00e8ne des mains de mani\u00e8re stricte, et c\u2019est surtout avant le contact avec un patient que trop peu d\u2019attention \u00e9tait accord\u00e9e \u00e0 l\u2019hygi\u00e8ne des mains. De plus, tous les parents n\u2019\u00e9taient pas suffisamment form\u00e9s \u00e0 l\u2019hygi\u00e8ne des mains. L\u2019importance d\u2019une bonne hygi\u00e8ne des mains<\/b> a d\u2019abord \u00e9t\u00e9 rappel\u00e9e. La d\u00e9sinfection<\/b> du mat\u00e9riel (commun) et le nettoyage<\/b> du service ont \u00e9t\u00e9 intensifi\u00e9s.\u00a0<\/span><\/p>\n En octobre 2019, un d\u00e9pistage oral et rectal hebdomadaire<\/b> de tous les nouveau-n\u00e9s des NICU a \u00e9t\u00e9 instaur\u00e9. Pour un d\u00e9pistage optimal, un \u00e9chantillon respiratoire et un gastro-intestinal sont combin\u00e9s, mais nous avons cependant opt\u00e9 pour un frottis buccal, les \u00e9chantillons respiratoires \u00e9tant plus difficiles \u00e0 pr\u00e9lever (10).<\/sup> Lorsque indiqu\u00e9, des \u00e9chantillons cliniques ont \u00e9galement \u00e9t\u00e9 pr\u00e9lev\u00e9s.<\/p>\n Le personnel<\/b> n\u2019a pas \u00e9t\u00e9 d\u00e9pist\u00e9, mais a \u00e9t\u00e9 scind\u00e9<\/b> selon qu\u2019il s\u2019occupait des soins \u00e0 des nouveau-n\u00e9s infect\u00e9s\/colonis\u00e9s ou \u00e0 des nouveau-n\u00e9s non affect\u00e9s.<\/p>\n Lors de l\u2019examen des \u00e9chantillons environnementaux<\/b>, Apr\u00e8s la mise en \u0153uvre de ces mesures, l\u2019\u00e9pid\u00e9mie a pu \u00eatre ma\u00eetris\u00e9e et la surveillance arr\u00eat\u00e9e \u00e0 la fin mars 2020 (Fig. 2).<\/p>\n \u00a0<\/span>Nous avons d\u00e9crit une \u00e9pid\u00e9mie de S. marcescens au sein des NICU de notre h\u00f4pital \u00e0 l\u2019aide d\u2019une analyse WGS et wgMLST et avons compar\u00e9 les souches avec celles d\u2019\u00e9pid\u00e9mies ant\u00e9rieures pr\u00e9sum\u00e9es.<\/p>\n L\u2019\u00e9pid\u00e9mie de 2018-2019 se composait de trois clusters s\u00e9par\u00e9s qui ont circul\u00e9 simultan\u00e9ment pendant plusieurs mois. La pr\u00e9sence simultan\u00e9e de plusieurs clones a \u00e9t\u00e9 d\u00e9crite dans des enqu\u00eates sur les foyers \u00e9pid\u00e9miques d\u00e9j\u00e0 publi\u00e9es et semble indiquer la pr\u00e9sence de sources multiples (1, 4, 13-15)<\/sup>.\u00a0<\/span><\/p>\n Une enqu\u00eate environnementale a montr\u00e9 la pr\u00e9sence de souches de S. marcescens<\/i> dans l\u2019\u00e9vacuation d\u2019une baignoire et deux lavabos (cluster 1, n=2; cluster 2, n=1). L\u2019\u00e9vacuation positive du cluster 2 se trouvait dans la chambre d\u2019isolement, mais aucun des patients appartenant \u00e0 ce cluster n\u2019a jamais \u00e9t\u00e9 admis dans cette chambre. L\u2019\u00e9vacuation peut donc avoir \u00e9t\u00e9 une source de contamination dans les NICU de notre h\u00f4pital, comme cela a \u00e9t\u00e9 le cas dans plusieurs rapports d\u2019\u00e9pid\u00e9mie d\u00e9j\u00e0 publi\u00e9s, mais il doit y avoir eu un mode de transmission de l\u2019\u00e9vacuation du lavabo vers les nouveau-n\u00e9s du cluster \u00e9pid\u00e9mique 2, et une autre source devait \u00e9galement \u00eatre pr\u00e9sente, car aucune \u00e9vacuation n\u2019a pu \u00eatre li\u00e9e aux souches du cluster \u00e9pid\u00e9mique 3 (1, 15-17)<\/sup>. Sur la base d\u2019\u00e9pid\u00e9mies publi\u00e9es ant\u00e9rieurement, on suppose que le principal r\u00e9servoir de S. marcescens<\/i> est le syst\u00e8me gastro-intestinal des nouveau-n\u00e9s infect\u00e9s\/colonis\u00e9s qui restent colonis\u00e9s pendant une longue p\u00e9riode (2, 4, 10)<\/sup>. A partir de ces nouveau-n\u00e9s colonis\u00e9s, une contamination crois\u00e9e peut se faire par les mains des prestataires de soins(3, 4)<\/sup>. Mais les parents peuvent aussi \u00eatre contamin\u00e9s de mani\u00e8re transitoire et contaminer l\u2019environnement, ou vice versa. Dans le cas de cette \u00e9pid\u00e9mie, Il est impossible de savoir si les microorganismes pr\u00e9sents dans les canalisations d\u2019\u00e9vacuation ont colonis\u00e9 les nouveau-n\u00e9s, ou si ceux pr\u00e9sents chez les nouveau-n\u00e9s ont occasionn\u00e9 une contamination secondaire des canalisations d\u2019\u00e9vacuation, mais selon notre hypoth\u00e8se, les deux cas de figure ont pu agir comme r\u00e9servoir de contamination par les mains des prestataires de soins et des parents (Fig. 4).<\/p>\n Figure 4 Hypoth\u00e8se de contamination crois\u00e9e lors de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie de S. marcescens dans les NICU du Universitair Ziekenhuis Brussel (HCW= prestataires de soins).<\/i><\/p>\n <\/p>\n <\/p>\n En 2014, deux clusters \u00e9pid\u00e9miques simultan\u00e9s ont aussi \u00e9t\u00e9 observ\u00e9s, attestant ainsi du caract\u00e8re r\u00e9current des \u00e9pid\u00e9mies de S. marcescens<\/i> dans les NICU. Toutefois, les souches de ces clusters divergeaient consid\u00e9rablement de celles du cluster \u00e9pid\u00e9mique de 2018-2019. On peut donc supposer qu\u2019il n\u2019y a pas de source environnementale faisant office de r\u00e9servoir continu. Ceci \u00e9taye l\u2019hypoth\u00e8se selon laquelle ce sont plus probablement les nouveau-n\u00e9s, et non l\u2019environnement, qui constituent le principal r\u00e9servoir et le point de d\u00e9part des \u00e9pid\u00e9mies.<\/p>\n Aucune des souches de S. marcescens<\/i> isol\u00e9es \u00e0 partir d\u2019h\u00e9mocultures pr\u00e9lev\u00e9es chez les adultes n\u2019ont \u00a0pu \u00eatre li\u00e9es entre elles, ni avec celles associ\u00e9es aux \u00e9pid\u00e9mies des NICU. Ceci confirme l\u2019hypoth\u00e8se selon laquelle nous ne sommes pas confront\u00e9s \u00e0 un probl\u00e8me \u00e0 l\u2019\u00e9chelle de l\u2019h\u00f4pital, ce qui justifie uniquement des mesures de pr\u00e9vention des infections plus strictes au niveau des NICU. Cela illustre \u00e9galement que les nouveau-n\u00e9s sont plus sensibles aux \u00e9pid\u00e9mies de S. marcescens<\/i> que les adultes en raison de leur syst\u00e8me immunitaire immature et des traitements m\u00e9dicaux intensifs qu\u2019ils re\u00e7oivent (1, 9)<\/sup>.\u00a0<\/span><\/p>\n Plusieurs mesures ont \u00e9t\u00e9 prises en diff\u00e9rentes \u00e9tapes (Fig. 2) afin d\u2019enrayer cette \u00e9pid\u00e9mie. Nous avons d\u2019abord commenc\u00e9 \u00e0 intensifier les pr\u00e9cautions standard telles que l\u2019hygi\u00e8ne des mains. \u00c9tant donn\u00e9 que les bact\u00e9ries sont transf\u00e9r\u00e9es par les mains, il est clair que la mesure la plus importante pour pr\u00e9venir la transmission a consist\u00e9 \u00e0 garantir une qualit\u00e9 optimale de l\u2019hygi\u00e8ne des mains. (2-4, 13, 18)<\/sup> Une formation continue des prestataires de services s\u2019est av\u00e9r\u00e9e \u00eatre une mesure efficace lors d\u2019\u00e9pid\u00e9mies ant\u00e9rieures (2, 4, 13, 14, 18, 19)<\/sup>. Nous avons aussi form\u00e9 les parents \u00e0 une bonne hygi\u00e8ne des mains, car il est fort probable qu\u2019ils aient jouer \u00e9galement un r\u00f4le dans la transmission. Dans un deuxi\u00e8me temps, nous avons introduit un d\u00e9pistage de colonisation hebdomadaire, et le personnel a \u00e9t\u00e9 r\u00e9parti en\u00a0 <\/span>deux groupes distincts (celui qui s\u2019occupait des nouveau-n\u00e9s infect\u00e9s et celui qui s\u2019occupait des nouveau-n\u00e9s non infect\u00e9s). Une enqu\u00eate environnementale a \u00e9galement \u00e9t\u00e9 r\u00e9alis\u00e9e (14, 18)<\/sup>. Nous supposons que la propagation des souches S. marcescens<\/i> des clusters 2 et 3 a \u00e9t\u00e9 arr\u00eat\u00e9e par la mise en \u0153uvre de ce premier ensemble de pr\u00e9cautions standard car aucun nouveau cas n\u2019a pu \u00eatre d\u00e9tect\u00e9 depuis juin 2019. Cependant, le cluster 1 n\u2019a pas pu \u00eatre arr\u00eat\u00e9.\u00a0 <\/span>Par cons\u00e9quent, tous les siphons des NICU ont \u00e9t\u00e9 remplac\u00e9s. Cette mesure a \u00e9t\u00e9 prise sur la base d\u2019investigations ant\u00e9rieures men\u00e9es au sein de l\u2019unit\u00e9 de soins intensifs pour adultes de notre h\u00f4pital, qui avaient montr\u00e9 que l\u2019\u00e9vacuation des lavabo constituait une source de contamination par des Enterobacteriaceae <\/i>(multir\u00e9sistantes). En raison de la formation de biofilm, la charge bact\u00e9rienne dans les siphons est tr\u00e8s \u00e9lev\u00e9e et un a\u00e9rosol de bact\u00e9ries peut se disperser lors de l\u2019\u00e9coulement de l\u2019eau (20)<\/sup>. Lors de diff\u00e9rentes \u00e9pid\u00e9mies dans les NICU, les siphons ont \u00e9t\u00e9 remplac\u00e9s pour arr\u00eater la propagation (15, 19)<\/sup>. Toutefois, il ressort d\u2019enqu\u00eates ant\u00e9rieures que le remplacement des siphons seul ne suffit pas pour arr\u00eater d\u00e9finitivement la transmission (15, 20)<\/sup>. Dans une \u00e9tude de Smolders et coll.<\/i>, la d\u00e9contamination de l\u2019\u00e9vacuation avec de l\u2019acide ac\u00e9tique (25 %) s\u2019est r\u00e9v\u00e9l\u00e9e une mesure peu co\u00fbteuse et efficace (21)<\/sup>. Toutefois, une concentration sup\u00e9rieure \u00e0 10 % peut causer une irritation en cas de contact avec la peau et les yeux et apr\u00e8s inhalation (22)<\/sup>. En raison de la fragilit\u00e9 de la population des NICU, nous avons donc opt\u00e9 pour une d\u00e9contamination hebdomadaire de l\u2019\u00e9vacuation avec de l\u2019acide ac\u00e9tique \u00e0 10 %. Apr\u00e8s le remplacement des siphons (novembre 2019) et l\u2019introduction d\u2019une d\u00e9contamination hebdomadaire (d\u00e9cembre 2019), l\u2019\u00e9pid\u00e9mie a pu \u00eatre compl\u00e8tement ma\u00eetris\u00e9e. Le 2 d\u00e9cembre 2019, le dernier nouveau patient infect\u00e9\/colonis\u00e9 par une souche \u00e9pid\u00e9mique a \u00e9t\u00e9 observ\u00e9.<\/p>\n Pour la phase initiale de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie (p\u00e9riode ao\u00fbt 2018-avril 2019), on a d\u2019abord consid\u00e9r\u00e9 qu\u2019il s\u2019agissait de cas de colonisations ou d\u2019infections \u00e0 S. marcescens<\/i> qui survenaient sporadiquement chez des patients des NICU. Si le WGS avait \u00e9t\u00e9 facilement accessible dans notre h\u00f4pital, cela aurait sans doute permis de d\u00e9tecter plus rapidement l\u2019\u00e9pid\u00e9mie en d\u00e9montrant que les souches faisaient partie du m\u00eame cluster \u00e9pid\u00e9mique. L\u2019enqu\u00eate environnementale a \u00e9t\u00e9 la cl\u00e9 des sources potentielles qui ont ensuite pu \u00eatre reli\u00e9es aux diff\u00e9rents clusters \u00e9tablis par le WGS. De cette fa\u00e7on, nous avons pu clarifier les voies de transmission pr\u00e9sum\u00e9es et mettre en place des mesures cibl\u00e9es en plus des pr\u00e9cautions standard. L\u2019apport du WGS a aussi permis de d\u00e9montrer l\u2019efficacit\u00e9 des mesures mises en \u0153uvre, \u00e9tant donn\u00e9 que les souches de S. marcescens<\/i> isol\u00e9es apr\u00e8s d\u00e9cembre 2019 \u00e9taient clairement non reli\u00e9es aux souches \u00e9pid\u00e9miques.\u00a0<\/span><\/p>\n Les r\u00e9sultats de cette \u00e9tude illustrent le potentiel du WGS dans le cadre d\u2019enqu\u00eates d\u2019\u00e9pid\u00e9mies nosocomiales. Toutefois, \u00e0 ce jour, le WGS n\u2019est pas disponible \u00e0 large \u00e9chelle pour les enqu\u00eates de routine en laboratoire clinique compte tenu du co\u00fbt encore \u00e9lev\u00e9 de la technologie et de l\u2019expertise humaine requise pour l\u2019analyse et l\u2019interpr\u00e9tation des r\u00e9sultats. Une optimisation suppl\u00e9mentaire s\u2019impose pour r\u00e9duire le d\u00e9lai d\u2019ex\u00e9cution afin d\u2019obtenir le r\u00e9sultat dans un d\u00e9lai cliniquement pertinent. La d\u00e9finition d\u2019un cas, l\u2019adoption de mesures de contr\u00f4le et la formulation d\u2019hypoth\u00e8ses doivent \u00eatre effectu\u00e9es avant que les r\u00e9sultats du typage ne soient connus. En outre, le co\u00fbt devrait \u00eatre encore r\u00e9duit et l\u2019analyse des donn\u00e9es rationalis\u00e9e afin de rendre la technique largement disponible et de pouvoir l\u2019appliquer plus largement dans des enqu\u00eates sur des foyers \u00e9pid\u00e9miques (23)<\/sup>.\u00a0<\/span><\/p>\n Nous pensons que les nouveau-n\u00e9s infect\u00e9s\/colonis\u00e9s et les \u00e9vacuations des lavabos\/baignoires, \u00e9taient tous deux des r\u00e9servoirs de S. marcescens<\/i>, et que des contaminations crois\u00e9es se sont produites plus que probablement par le biais des mains des soignants et des parents. Sur la base de cette hypoth\u00e8se, il est probable que le renforcement de l\u2019observance \u00e0 hygi\u00e8ne des mains a \u00e9t\u00e9 la mesure standard la plus importante pour stopper la propagation de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie. Cependant, celle-ci n\u2019a \u00e9t\u00e9 d\u00e9finitivement contr\u00f4l\u00e9e qu\u2019apr\u00e8s le remplacement et la d\u00e9contamination hebdomadaire des siphons avec de l\u2019acide ac\u00e9tique (10 %).\u00a0<\/span><\/p>\n La technique de typage par WGS peut apporter une grande valeur ajout\u00e9e dans le cadre d\u2019investigations de foyers \u00e9pid\u00e9miques. Elle peut contribuer \u00e0 reconna\u00eetre une \u00e9pid\u00e9mie, \u00e0 pr\u00e9ciser tr\u00e8s exactement le niveau de son extension et \u00e0 indentifier la ou les sources potentielles. Autant d\u2019\u00e9l\u00e9ments pr\u00e9cieux pour la mise en \u0153uvre cibl\u00e9e de mesures de contr\u00f4le. Toutefois, une optimisation du flux de travail WGS est encore n\u00e9cessaire afin de r\u00e9duire les d\u00e9lais de r\u00e9ponse et diminuer les co\u00fbts pour que la technique puisse \u00eatre utilis\u00e9e de mani\u00e8re syst\u00e9matique dans les enqu\u00eates d\u2019\u00e9pid\u00e9mies<\/p>\n 1. Martineau C, Li X, Lalancette C, Perreault T, Fournier E, Tremblay J, et al. Serratia marcescens Outbreak in a Neonatal Intensive Care Unit: New Insights from Next-Generation Sequencing Applications. J Clin Microbiol. 2018;56(9).<\/p>\n 2. Voelz A, Muller A, Gillen J, Le C, Dresbach T, Engelhart S, et al. Outbreaks of Serratia marcescens in neonatal and pediatric intensive care units: clinical aspects, risk factors and management. Int J Hyg Environ Health. 2010;213(2):79-87.<\/p>\n 3. Cristina ML, Sartini M, Spagnolo AM. Serratia marcescens Infections in Neonatal Intensive Care Units (NICUs). Int J Environ Res Public Health. 2019;16(4).<\/p>\n 4. 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Acetic acid as a decontamination method for ICU sink drains colonized by carbapenemase-producing Enterobacteriaceae and its effect on CPE infections. J Hosp Infect. 2019;102(1):82-8.<\/p>\n 22. Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu. De risico\u2019s van azijn bij de bestrijding van onkruid en groene aanslag door particulieren\u00a0 <\/span>[Internet] . 2019\u00a0 <\/span>[cited 12 February 2020]. Available from: https:\/\/www.rivm.nl\/bibliotheek\/rapporten\/2019-0198.pdf.<\/p>\n 23. Rossen JWA, Friedrich AW, Moran-Gilad J, ESCMID Study Group for Genomic and Molecular Diagnostics (ESGMD). Practical issues in implementing whole-genome-sequencing in routine diagnostic microbiology. Clin Microbiol Infect. 2018;24(4):355-360.<\/p>\n
\nS. marcescens<\/i> (3, 4)<\/sup>. Le s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome entier (WGS ou whole-genome sequencing) est une technique nouvelle et prometteuse dans les enqu\u00eates sur les foyers \u00e9pid\u00e9miques. qui permet le typage d\u00e9taill\u00e9 de microorganismes \u00e0 une r\u00e9solution plus \u00e9lev\u00e9e que les techniques plus anciennes telles que l\u2019\u00e9lectrophor\u00e8se sur gel \u00e0 champ puls\u00e9 (PFGE), qui est la m\u00e9thode standard actuelle pour la plupart des esp\u00e8ces dont S. marcescens<\/i> (1, 6, 11)<\/sup>. Le WGS pourrait \u00eatre utilis\u00e9 pour cartographier la propagation et identifier des sources potentielles. En outre, cette technique permet l\u2019identification de la r\u00e9sistance aux antibiotiques et des g\u00e8nes de virulence (1, 11, 12)<\/sup>.<\/p>\n2. Mat\u00e9riel et m\u00e9thodes\u00a0<\/span><\/b><\/h2>\n
\n2.1 Contexte\u00a0<\/span><\/b><\/p>\n![\"\"](\"http:\/\/www.nosoinfo.be\/nosoinfos\/wp-content\/uploads\/2021\/06\/S.-marcescens-01-750x401.png\")
<\/b><\/p>\n
\n– pr\u00e9l\u00e8vements de d\u00e9pistage (octobre 2019-mars 2020) ;
\n– \u00e9chantillons cliniques pr\u00e9lev\u00e9s depuis le d\u00e9but de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie jusqu\u2019\u00e0 la fin de la p\u00e9riode de surveillance (ao\u00fbt 2018-mars 2020).<\/p>\n
\n<\/span>– pr\u00e9l\u00e8vements de d\u00e9pistage et \u00e9chantillons cliniques (mai 2014-ao\u00fbt 2015) (n=12) ;
\n-\u00e9chantillons cliniques (janvier-d\u00e9cembre 2017 ; aucun d\u00e9pistage effectu\u00e9) (n=3).<\/p>\nR\u00e9sultats\u00a0<\/span><\/b><\/h2>\n
\nS. marcescens<\/i> chez les patients des NICU, il est apparu qu\u2019un probl\u00e8me pr\u00e9existait d\u00e9j\u00e0 depuis ao\u00fbt 2018, avec une l\u00e9g\u00e8re diminution au d\u00e9but de 2019, suivie d\u2019un deuxi\u00e8me pic au printemps 2019.<\/p>\n![\"\"](\"http:\/\/www.nosoinfo.be\/nosoinfos\/wp-content\/uploads\/2021\/06\/S.-marcescens-02-750x374.png\")
<\/p>\n
\n\u2022 L\u2019\u00e9vacuation de la baignoire dans la salle B (\u00e9chantillon 09\/10\/2019)
\n\u2022 La balance dans la salle B (\u00e9chantillon 16\/10\/2019)
\n\u2022 L\u2019\u00e9vacuation du lavabo dans la chambre d\u2019isolement 1 (\u00e9chantillon 09\/10\/2019)<\/p>\n![\"\"](\"http:\/\/www.nosoinfo.be\/nosoinfos\/wp-content\/uploads\/2021\/06\/S.-marcescens-03-750x535.png\")
\u00a0<\/span><\/p>\n
\n<\/span>Les couleurs autour des cercles indiquent les clusters \u00e9pid\u00e9miologiques. La taille et les subdivisions des cercles correspondent au nombre d\u2019isolats par type. Les chiffres sur les ramifications indiquent le nombre de diff\u00e9rences d\u2019all\u00e8les entre les isolats qu\u2019elles relient.<\/span><\/p>\n
\nS. marcescens<\/i> (li\u00e9 aux clusters 1 et 2) a \u00e9t\u00e9 trouv\u00e9 au niveau de l\u2019\u00e9vacuation d\u2019une baignoire et de deux lavabos. Par cons\u00e9quent, tous les siphons<\/b> des NICU ont \u00e9t\u00e9 remplac\u00e9s<\/b> (baignoires, n=4 ; lavabos, n=6) et une d\u00e9contamination hebdomadaire avec de l\u2019acide ac\u00e9tique \u00e0 10 % a \u00e9t\u00e9 introduite<\/b>. L\u2019acide ac\u00e9tique doit agir pendant 30 minutes avant que l\u2019\u00e9vacuation ne soit rinc\u00e9e \u00e0 l\u2019eau.<\/p>\nDiscussion<\/b><\/h2>\n
![\"\"](\"http:\/\/www.nosoinfo.be\/nosoinfos\/wp-content\/uploads\/2021\/06\/S.-marcescens-04-1-750x126.png\")
<\/p>\nConclusion<\/b><\/h2>\n
R\u00e9f\u00e9rences<\/b><\/h2>\n
\t