{"id":2438,"date":"2017-10-30T15:11:53","date_gmt":"2017-10-30T14:11:53","guid":{"rendered":"http:\/\/www.nosoinfo.be\/nosoinfos\/?p=2438"},"modified":"2017-11-05T07:06:00","modified_gmt":"2017-11-05T06:06:00","slug":"resistance-a-la-colistine-chez-les-bacteries-a-gram-negatif","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.nosoinfo.be\/nosoinfos\/resistance-a-la-colistine-chez-les-bacteries-a-gram-negatif\/","title":{"rendered":"R\u00e9sistance \u00e0 la colistine chez les bact\u00e9ries \u00e0 gram-n\u00e9gatif"},"content":{"rendered":"

\"\"<\/p>\n

R\u00e9sum\u00e9<\/b><\/span><\/p>\n


La lutte contre les bact\u00e9ries multir\u00e9sistante (MDRO) constitue un en enjeu majeur de sant\u00e9 publique. L\u2019\u00e9mergence r\u00e9cente de souches multi-r\u00e9sistantes, voire pan-r\u00e9sistantes est illustr\u00e9e notamment par la diss\u00e9mination plan\u00e9taire des ent\u00e9robact\u00e9ries productrices de carbap\u00e9n\u00e9mases CPE) qui ne restent plus sensibles qu\u2019\u00e0 la colistine. La colistine est tr\u00e8s largement utilis\u00e9e en m\u00e9decine v\u00e9t\u00e9rinaire pour le traitement des infections \u00e0 gram-n\u00e9gatif chez les animaux d\u2019\u00e9levage. Par contre, cet antibiotique a pendant longtemps \u00e9t\u00e9 fort peu utilis\u00e9 en m\u00e9decine humaine \u00e0 cause de sa toxicit\u00e9 r\u00e9nale et en raison de l\u2019apparition d\u2019antibiotiques plus actifs et moins toxiques.
<\/span>Aujourd\u2019hui la colistine est prescrite \u00e0 nouveau en m\u00e9decine humaine souvent comme traitement de dernier recours dans un contexte d\u2019infections s\u00e9v\u00e8res occasionn\u00e9es par des bact\u00e9ries multi-r\u00e9sistantes telles les CPE. La r\u00e9sistance \u00e0 la colistine a rapidement \u00e9merg\u00e9 suite \u00e0 sa r\u00e9introduction en clinique et elle est en augmentation constante, particuli\u00e8rement dans les pays o\u00f9 la pr\u00e9valence de ces bact\u00e9ries est \u00e9lev\u00e9e. Le plus souvent cette r\u00e9sistance r\u00e9sulte de mutations chromosomiques dans divers g\u00e8nes conduisant \u00e0 des modifications de la structure du lipopolysaccharide (LPS) et qui entra\u00eenent une abolition de la fixation de la colistine sur la paroi bact\u00e9rienne.
R\u00e9cemment, des g\u00e8nes de r\u00e9sistance plasmidique \u00e0 la colistine (mcr-1 \u00e0 mcr-4<\/i>) ont \u00e9t\u00e9 rapport\u00e9s chez les ent\u00e9robact\u00e9ries principalement chez Escherichia coli<\/i>. Les premi\u00e8res observations en Chine ont rapidement \u00e9t\u00e9 suivies d\u2019autres rapports similaires faisant \u00e9tat de la diss\u00e9mination de souches r\u00e9sistantes \u00e0 la colistine avec le m\u00e9canisme MCR sur tous les continents dont l\u2019Europe (Belgique inclue). Cependant, la tr\u00e8s grande majorit\u00e9 des isolats mcr-1\/mcr-2 ont \u00e9t\u00e9 rapport\u00e9 chez les animaux de fili\u00e8re de productions ou dans des produits alimentaires d\u2019origine animale et beaucoup plus rarement chez l\u2019homme. Malgr\u00e9 la raret\u00e9 de la r\u00e9sistance plasmidique \u00e0 la colistine en m\u00e9decine humaine, il est important de rester vigilant et de surveiller l\u2019\u00e9volution de la pr\u00e9valence et de l\u2019incidence de cette r\u00e9sistance dans diff\u00e9rents \u00e9cosyst\u00e8mes (p.ex.: dans les h\u00f4pitaux aigus mais aussi dans les institutions de soins chroniques et dans la communaut\u00e9) et sur un \u00e9chantillonnage plus large (pas uniquement sur les isolats les plus r\u00e9sistants aux antibiotiques tels BLSE ou CPE). L\u2019\u00e9mergence et la diss\u00e9mination de la r\u00e9sistance plasmidique \u00e0 la colistine est pr\u00e9occupante parce que son extension pourrait compromettre l\u2019une des derni\u00e8res lignes th\u00e9rapeutique efficace sur des bact\u00e9ries multi-r\u00e9sistantes ou pan-r\u00e9sistantes. Cette menace s\u2019inscrit par ailleurs dans un contexte global o\u00f9 les perspectives de d\u00e9veloppement de nouveaux antibiotiques actifs sur ces organismes restent assez limit\u00e9es. D\u00e8s lors, l\u2019optimisation de l\u2019utilisation clinique de colistine (choix\/indication, modalit\u00e9s d\u2019administration, monitoring th\u00e9rapeutique) ont une importance croissante et constituent la priorit\u00e9 actuelle.\u00a0<\/p>\n

Structure et mode d\u2019action<\/b><\/span><\/h3>\n

Les polymyxines, classe d\u2019antibiotique \u00e0 laquelle appartient\u00a0 <\/span>la colistine, poss\u00e8dent un spectre d\u2019activit\u00e9 activit\u00e9 antibact\u00e9rien \u00e9troit limit\u00e9 aux seules bact\u00e9ries \u00e0 gram-n\u00e9gatif (incluant les ent\u00e9robact\u00e9ries, Pseudomonas aeruginosa<\/i> et Acinetobacter <\/i>spp.). Seules quelques genres\/esp\u00e8ces sont naturellement r\u00e9sistants \u00e0 la colistine (les plus connues \u00e9tant Serratia<\/i> spp., Proteus<\/i> spp., Morganella<\/i> spp., Providencia<\/i> spp. et Burkholderia cepacia<\/i> et depuis plus r\u00e9cemment, Hafnia alvei<\/i>, Jayol JAC 2017). Elles sont inactives vis-\u00e0-vis des gram-positif et de la majorit\u00e9 des bact\u00e9ries ana\u00e9robies.
<\/span>Les polymyxines sont des antibiotiques naturellement produits par diff\u00e9rentes esp\u00e8ces de Paenibacillus polymyxa<\/i>\u00a0 <\/span>qui ont \u00e9t\u00e9 d\u00e9couverts au Japon en 1947. Cinq compos\u00e9s chimiques sont d\u00e9crits, mais seuls deux d\u2019entre eux sont utilis\u00e9s en th\u00e9rapeutique: la polymyxine B et la polymyxine E (ou colistine). Ces mol\u00e9cules d\u2019un grand poids mol\u00e9culaire (+\/- 1200 Da) sont des polypeptides cationiques constitu\u00e9s d\u2019un cycle de 7 acides amin\u00e9s et d\u2019une cha\u00eene lat\u00e9rale tripeptidique sur laquelle est li\u00e9e de fa\u00e7on covalente un acide gras. Cette structure chimique particuli\u00e8re leur conf\u00e8re \u00e0 la fois des propri\u00e9t\u00e9s hydrophiles (groupement amines des acides amin\u00e9s du cycle charg\u00e9s positivemement) et lipophiles (acide gras \u00e0 longue cha\u00eene charg\u00e9s n\u00e9gativement).
La cible d\u2019action des polymyxines est le lipopolysaccharide (LPS) bact\u00e9rien, composant de la membrane externe des bacilles \u00e0 gram-n\u00e9gatif. Gr\u00e2ce \u00e0 leur structure polycationique, ces mol\u00e9cules se fixent sur le LPS (\u00e0 la place des ions Ca++ et Mg++) provoquant une d\u00e9sorganisation de la paroi externe et secondairement une augmentation de la perm\u00e9abilit\u00e9 de la membrane cytoplasmique. Ces modifications majeures aboutissent \u00e0 la lyse rapide de la membrane et mort de la bact\u00e9rie. Les polymyxines sont des antibiotiques rapidement bact\u00e9ricides, leur mode d\u2019action \u00e9tant concentration d\u00e9pendant (\u00e0 l\u2019instar des aminoglycosides) et les param\u00e8tres principaux r\u00e9gissant leur activit\u00e9 PK\/PD sont la concentration s\u00e9rique maximale et l\u2019aire sous la courbe par rapport \u00e0 la concentration minimale inhibitrice (Cmax\/CMI et AUC\/CMI).<\/p>\n

Usage clinique<\/b><\/span><\/h3>\n

La colistine peut \u00eatre utilis\u00e9e sous deux formes pharmaceutiques; la forme de colistine sulfate est utilisable par voie orale et pour l\u2019usage topique. La forme colistim\u00e9thate sodique est \u00e0 usage parent\u00e9ral uniquement. A noter que le colistim\u00e9thate sodique est une prodrogue inactive de la colistine ne poss\u00e9dant aucune activit\u00e9 antibact\u00e9rienne intrins\u00e8que. Le sulfate de colistine et le colistim\u00e9thate sodique ne sont quasiment pas absorb\u00e9s au niveau du tractus gastro-intestinal. C\u2019est pourquoi le colistim\u00e9thate sodique est utilis\u00e9 par voie parent\u00e9rale pour le traitement des infections profondes. La colistine a \u00e9t\u00e9 utilis\u00e9e en th\u00e9rapeutique humaine pour le traitement des infections \u00e0 bact\u00e9ries \u00e0 gram-n\u00e9gatif depuis les ann\u00e9es 1960.\u00a0 <\/span>D\u00e8s les ann\u00e9es 1970 son utilisation a rapidement diminu\u00e9 en raison d\u2019une part des effets secondaires rapport\u00e9s (nephrotoxicit\u00e9, neurotoxicit\u00e9) et d\u2019autre part de l\u2019introduction de nouveaux antibiotiques plus actifs et moins toxiques (aminoglycosides, quinolones, <\/span>\u03b2<\/span>-lactames). Pendant une vingtaine d\u2019ann\u00e9es, l\u2019utilisation de la colistine a \u00e9t\u00e9 essentiellement limit\u00e9e \u00e0 des traitements topiques (ophtalmologie, dermatologie) ou pour le traitement d\u2019infections tr\u00e8s sp\u00e9cifiques (p.e : usage syst\u00e9mique ou n\u00e9bulisation dans le cadre d\u2019infections pulmonaires chez les patients avec mucoviscidose). La recrudescence des bact\u00e9ries \u00e0 gram-n\u00e9gatifs multi-r\u00e9sistantes et pan-r\u00e9sistantes (en particulier les CPE) a contribu\u00e9 \u00e0 la r\u00e9introduction de l\u2019utilisation de la colistine depuis une dizaine d\u2019ann\u00e9e en m\u00e9decine humaine. L\u2019utilisation en m\u00e9decine v\u00e9t\u00e9rinaire (traitement, prophylaxie) est par contre rest\u00e9e importante et l\u2019utilisation tr\u00e8s excessive de colistine comme agent promoteur de croissance dans le domaine agro-alimentaire constitue \u00e0 la fois un enjeu \u00e9conomique tr\u00e8s important et un probl\u00e8me de sant\u00e9 publique majeur \u00e0 cause du risque d\u2019\u00e9mergence rapide de r\u00e9sistance dans les diff\u00e9rents \u00e9cosyst\u00e8mes (animal et humain). <\/span><\/p>\n

M\u00e9canismes de r\u00e9sistance<\/b><\/span><\/h3>\n

La r\u00e9sistance \u00e0 la colistine est li\u00e9e \u00e0 des modifications de la composition du LPS des bact\u00e9ries \u00e0 gram-n\u00e9gatif. Ces modifications ont toutes comme cons\u00e9quence de diminuer la charge n\u00e9gative du LPS, essentiellement via l\u2019ajout de r\u00e9sidus charg\u00e9s positivement, entra\u00eenant ainsi une diminution d\u2019affinit\u00e9 de la colistine (elle-m\u00eame charg\u00e9e positivement) pour sa cible d\u2019action. D\u2019autres m\u00e9canismes de r\u00e9sistance plus rarement incrimin\u00e9s sont la synth\u00e8se d\u2019une capsule externe (qui absorbe la colistine par trapping et emp\u00eache ainsi sa fixation sur le LPS) ou la surexpression de certaines pompes \u00e0 efflux (entra\u00eenant l\u2019expulsion de l\u2019antibiotique de la bact\u00e9rie vers le milieu extra-cellulaire).
<\/span>Les alt\u00e9rations du LPS sont li\u00e9es \u00e0 des modifications du lipide A comprenant le plus souvent l\u2019addition de deux types distincts de groupement cationiques (phospho\u00e9tanolamines [pEtN] ou 4-amino-4-d\u00e9soxy-L-arabinose [L-Ara4N]).
Chez les ent\u00e9robact\u00e9ries, ces modifications du LPS sont finement r\u00e9gul\u00e9es par deux syst\u00e8mes distincts \u00e0 deux composants nomm\u00e9s PhoP\/PhoQ et PmrA\/PmrB. Le syst\u00e8me PhoP\/PhoQ est lui-m\u00eame r\u00e9gul\u00e9 par la prot\u00e9ine transmembranaire MgrB. Dans la majorit\u00e9 des cas, la r\u00e9sistance \u00e0 la colistine est corr\u00e9l\u00e9e avec des alt\u00e9rations de g\u00e8nes chromosomiques (mutations, d\u00e9l\u00e9tions ou insertions) impliqu\u00e9s dans l\u2019un ou l\u2019autre de ces syst\u00e8mes \u00e0 deux composants et\/ou du g\u00e8ne mgrB. Chez les ent\u00e9robact\u00e9ries, le m\u00e9canisme de r\u00e9sistance le plus fr\u00e9quemment rencontr\u00e9 correspond \u00e0 une inactivation du g\u00e8ne mgrB, qui joue un r\u00f4le de r\u00e9gulateur n\u00e9gatif sur le syst\u00e8me PhoP\/PhoQ. Les CMI \u00e0 la colistine chez les souches poss\u00e9dant une alt\u00e9ration du g\u00e8ne mgrB sontg\u00e9n\u00e9ralement comprise entre 4 et 64 mg\/L. L\u2019\u00e9mergence d\u2019une r\u00e9sistance plasmidique \u00e0 la colistine et transf\u00e9rable d\u2019une esp\u00e8ce \u00e0 une autre a \u00e9t\u00e9 rapport\u00e9e pour la premi\u00e8re fois fin 2015 sous la d\u00e9nomination de MCR-1. La prot\u00e9ine MCR-1 fait partie de la famille des phospho\u00e9thanolamine transf\u00e9rase dont l\u2019expression chez E. coli <\/i>et chez K. pneumoniae<\/i> aboutit \u00e0 l\u2019addition de pEtN sur le lipide A. Les modifications du LPS par l\u2019ajout de pEtN conf\u00e8rent des niveaux de r\u00e9sistance aux polymyxines plus faibles que celui conf\u00e9r\u00e9 par l\u2019ajout de L-Ara4N. Ceci explique que les souches avec le m\u00e9canisme de r\u00e9sistance MCR-1 pr\u00e9sentent un bas niveau de r\u00e9sistance, les CMI \u00e0 la colistine \u00e9tant habituellement comprises entre 4\u00a0 <\/span>et 8 mg\/L.
Depuis leur description initiale en Chine \u00e0 partir de souches d\u2019animaux d\u2019\u00e9levages (surtout porcins et volailles), de produits alimentaires\u00a0 <\/span>(viandes) et d\u2019origine humaine,\u00a0 <\/span>la pr\u00e9sence de souches d\u2019ent\u00e9robact\u00e9ries mcr-1 positives (surtout E. coli<\/i> et dans une moindre mesure Salmonella<\/i> spp. et beaucoup plus rarement chez K. pneumoniae<\/i> et Enterobacter<\/i> spp.) a \u00e9t\u00e9 rapport\u00e9e sur tous les continents. En outre, au moins quatre autres variants proches du g\u00e8ne mcr-1 (mcr-1.2, mcr-2, mcr-3 et mcr-4)<\/i> ont \u00e9t\u00e9 d\u00e9crits depuis lors. Les g\u00e8nes mcr-1 <\/i>et apparent\u00e9s sont pr\u00e9sents sur une grande diversit\u00e9 de plasmides sugg\u00e9rant une large diss\u00e9mination de cette r\u00e9sistance dans le monde v\u00e9t\u00e9rinaire, en particulier chez les animaux d\u2019\u00e9levages. Bien que ce m\u00e9canisme de r\u00e9sistance soit consid\u00e9r\u00e9 comme \u00ab nouveau \u00bb, plusieurs \u00e9tudes r\u00e9trospectives ont fait \u00e9tat de la pr\u00e9sence de souches productrices de MCR-1 depuis les ann\u00e9es 1980 (isolement \u00e0 partir de volaille en Chine) et en Europe au d\u00e9but des ann\u00e9es 2000 (isolement dans des veaux d\u2019\u00e9levages en France d\u00e8s 2005) sugg\u00e9rant que l\u2019\u00e9mergence de ce m\u00e9canisme de r\u00e9sistance \u00e0 la colistine n\u2019\u00e9tait pas si r\u00e9cente que cela. On pense que l\u2019amplification tr\u00e8s nette de ce m\u00e9canisme de r\u00e9sistance observ\u00e9e dans le milieu v\u00e9t\u00e9rinaire depuis la p\u00e9riode 2008-2010 pourrait avoir \u00e9t\u00e9 la cons\u00e9quence de l\u2019utilisation intensive des polymyxines dans le monde animal (en particulier \u00e9levage de porcs et de bovins). Chez l\u2019homme par contre, la pr\u00e9valence des souches mcr-1<\/i> positives reste toujours tr\u00e8s faible (<0.1% chez E. coli<\/i>). Cependant il n\u2019existe qu\u2019un tr\u00e8s petit nombre d\u2019\u00e9tudes, celles-ci \u00e9tant de surcro\u00eet souvent de taille limit\u00e9e et cibl\u00e9es sur des groupes de population tr\u00e8s sp\u00e9cifiques (d\u00e9pistage du portage de bact\u00e9ries MDR \u00e0 partir de frottis rectaux chez des patients hospitalis\u00e9s ou chez des r\u00e9sidents dans des institutions de long s\u00e9jour).<\/p>\n

Epid\u00e9miologie<\/b><\/span><\/h3>\n

La pr\u00e9valence de la r\u00e9sistance \u00e0 la colistine reste actuellement basse dans de nombreux pays. En Europe, les donn\u00e9es du programme de surveillance EARS-Net de l\u2019ECDC montrait un taux moyen de r\u00e9sistance \u00e0 la colistine en 2015 de l\u2019ordre de 1% pour E. coli<\/i> et de 8-9% chez K. pneumoniae<\/i>, mais cet antibiotique n\u2019\u00e9tait test\u00e9 de mani\u00e8re syst\u00e9matique que dans un nombre fort limit\u00e9 de pays (6 pays sur 30). Dans ce m\u00eame rapport, le taux moyen de r\u00e9sistance chez P. aeruginosa et chez Acinetobacter <\/i>spp \u00e9tait de 1% et 4%, respectivement. Globalement, on observe une situation tr\u00e8s contrast\u00e9e selon les pays, la pr\u00e9valence de la r\u00e9sistance \u00e0 la colistine semblant \u00e9troitement corr\u00e9l\u00e9e \u00e0 celle de la r\u00e9sistance aux carbap\u00e9n\u00e8mes. Ainsi, la pr\u00e9valence de la r\u00e9sistance \u00e0 la colistine reste actuellement basse (< 5 % y compris les esp\u00e8ces naturellement r\u00e9sistantes) dans les pays ou la diss\u00e9mination des CPE est encore faible (p.ex. : France, Belgique, Allemagne, Su\u00e8de, Finlande, Danemark, Norv\u00e8ge). Par contre, la situation est beaucoup plus alarmante (20 \u00e0 30 % de r\u00e9sistance \u00e0 la colistine en particulier chez K. pneumoniae<\/i>)\u00a0 <\/span>pour certains pays consid\u00e9r\u00e9s comme end\u00e9miques pour les CPE (ex. : Gr\u00e8ce ou Italie). En 2015, 95% des souches rapport\u00e9es r\u00e9sistantes \u00e0 la colistine dans le programme de surveillance EARS-Net provenaient de Gr\u00e8ce et d\u2019Italie. A noter que l\u2019augmentation importante de l\u2019utilisation de la colistine\u00a0 <\/span>(par un facteur 6x en Gr\u00e8ce entre 2009 et 2013) pour le traitement des infections \u00e0 bacilles \u00e0 gram-n\u00e9gatif multi-r\u00e9sistant a contribu\u00e9 \u00e0 l\u2019\u00e9mergence rapide de la r\u00e9sistance. A c\u00f4t\u00e9 de l\u2019effet de la pression de s\u00e9lection li\u00e9e \u00e0 l\u2019utilisation croissante de colistine en clinique, la diss\u00e9mination de souches \u00e9pid\u00e9miques peut aussi contribuer \u00e0 l\u2019augmentation de la r\u00e9sistance. C\u2019est le cas en Italie o\u00f9 plusieurs \u00e9pid\u00e9mies hospitali\u00e8res occasionn\u00e9es par des souches MDR r\u00e9sistantes \u00e0 la colistine (essentiellement des CPE de type KPC) ont \u00e9t\u00e9 bien document\u00e9es entre 2012 et 2016.
<\/span>En Belgique, il n\u2019existe pas de donn\u00e9es de pr\u00e9valence de la r\u00e9sistance \u00e0 la colistine en m\u00e9decine humaine, cet antibiotique n\u2019\u00e9tant test\u00e9 que par tr\u00e8s peu de laboratoires (et g\u00e9n\u00e9ralement en seconde intention essentiellement sur des souches qui pr\u00e9sentent un caract\u00e8re de multir\u00e9sistance et seulement en milieu hospitalier). Dans le cadre de ses missions de centre de r\u00e9f\u00e9rence, notre laboratoire a \u00e9valu\u00e9 la sensibilit\u00e9 in vitro \u00e0 la colistine \u00e0 partir d\u2019un \u00e9chantillonnage de 800 souches d\u2019ent\u00e9robact\u00e9ries multi-r\u00e9sistantes et pr\u00e9sentant pour la majorit\u00e9 d\u2019entre elles une diminution de sensibilit\u00e9 ou une r\u00e9sistance aux carbap\u00e9n\u00e8mes. Ces souches isol\u00e9es \u00e0 partir de pr\u00e9l\u00e8vements cliniques ou de frottis de d\u00e9pistage dans plus de 90 laboratoires (hospitaliers et priv\u00e9s) belges nous \u00e9taient adress\u00e9es en premi\u00e8re intention pour confirmation de CPE. Une r\u00e9sistance associ\u00e9e \u00e0 la colistine a pu \u00eatre \u00e9t\u00e9 mise en \u00e9vidence pour 1% des souches de E. coli et pour 12% des K. pneumoniae test\u00e9es. A noter qu\u2019une augmentation significative de la r\u00e9sistance \u00e9tait observ\u00e9e au cours du temps (14% en 2015 vs. 8% en 2015), particuli\u00e8rement chez les souches de K. pneumoniae productrices de carbap\u00e9n\u00e9mase de type KPC (29\/87 [33%] en 2015 vs. 10\/72 [14%] en 2014 ; p <0.001) mais pas pour celles produisant d\u2019autres types de carbap\u00e9n\u00e9mases. Cette derni\u00e8re observation sugg\u00e8re fortement une augmentation de la r\u00e9sistance \u00e0 la colistine li\u00e9e \u00e0 la diffusion \u00e9pid\u00e9mique r\u00e9gionale et interr\u00e9gionale des\u00a0 <\/span>souches de K. pneumoniae<\/i> productrices de carbap\u00e9n\u00e9mase KPC-3 retrouv\u00e9es en Belgique et dont le caract\u00e8re clonal est bien reconnu (clone \u00e9pid\u00e9mique ST512).
Sur un total de 129 souches de bact\u00e9ries \u00e0 gram-n\u00e9gatif r\u00e9sistantes \u00e0 la colistine test\u00e9es en 2014 et en 2015 par PCR pour la d\u00e9tection du m\u00e9canisme de r\u00e9sistance plasmidique \u00e0 la colistine de type MCR seules 2 souches de E. coli (toutes deux productrices d\u2019une carbap\u00e9n\u00e9mase OXA-48) \u00e9taient \u00e9galement positives par PCR pour mcr-1. En 2016 et en 2017, le laboratoire de r\u00e9f\u00e9rence a confirm\u00e9 la pr\u00e9sence du g\u00e8ne mcr-1 dans 7 souches de E. coli <\/i>r\u00e9sistantes \u00e0 la colistine (provenant de 5 laboratoires) qui pr\u00e9sentaient comme particularit\u00e9 le fait d\u2019\u00eatre fort sensibles \u00e0 la majorit\u00e9 des antibiotiques (\u00e0 l\u2019exception de l\u2019ampicilline, du cotrimoxazole et pour certaines d\u2019entre elles les fluroquinolones). Ceci sugg\u00e8re qu\u2019il est sans doute indiqu\u00e9 dans le cadre d\u2019\u00e9tudes d\u2019incidence ou de pr\u00e9valence de ne pas limiter la recherche de la r\u00e9sistance plasmidique \u00e0 la colistine de type MCR aux seules souches multi-r\u00e9sistantes (de type BLSE ou CPE). Il est \u00e9galement int\u00e9ressant de signaler que \u00e0 ce jour la r\u00e9sistance plasmidique \u00e0 la colistine n\u2019a jamais \u00e9t\u00e9 d\u00e9crite chez P. aeruginosa<\/i> ni chez Acinetobacter <\/i>spp.
Compte tenu de l\u2019absence d\u2019\u00e9pid\u00e9mies nosocomiales associ\u00e9es \u00e0 la pr\u00e9sence de souches d\u2019ent\u00e9robact\u00e9ries productrices de MCR-1 , de de la m\u00e9connaissance des facteurs de risque de portage, de la survenue tout \u00e0 fait exceptionnelle d\u2019\u00e9pid\u00e9mies hospitali\u00e8res associ\u00e9es \u00e0 l\u2019esp\u00e8ce E. coli<\/i>, de la proportion importante de souches MCR-positives multi-sensibles aux antibiotiques d\u2019origine communautaire (non associ\u00e9es \u00e0 des infections hospitali\u00e8res), il ne nous para\u00eet pas indiqu\u00e9 de r\u00e9aliser actuellement un d\u00e9pistage sp\u00e9cifique pour la recherche du m\u00e9canisme de r\u00e9sistance \u00e0 la colistine de type MCR chez des patients hospitalis\u00e9s (hormis dans le contexte d\u2019\u00e9tude d\u2019\u00e9valuation des facteurs de risque). Dans ces cas, il pourrait \u00eatre judicieux de consid\u00e9rer les v\u00e9t\u00e9rinaires, les \u00e9leveurs et l\u2019ensemble des professionnels travaillant au contact des animaux d\u2019\u00e9levage comme un groupe potentiellement \u00e0 risque en plus des autres facteurs de risque d\u00e9j\u00e0 pr\u00e9alablement d\u00e9finis pour la recherche du portage asymptomatique de BLSE ou de CPE (hospitalisation pr\u00e9alable \u00e0 l\u2019\u00e9tranger ou rapatriement sanitaire direct de l\u2019\u00e9tranger, en particulier les personnes ayant voyag\u00e9\u00a0 <\/span>dans le Sud-Est de l\u2019Asie, reconnue comme zone \u00e0 pr\u00e9valence accrue d\u2019ent\u00e9robact\u00e9ries r\u00e9sistantes \u00e0 de nombreux antibiotiques dont la colistine.<\/p>\n

M\u00e9thodes recommand\u00e9es pour la d\u00e9tection de la r\u00e9sistance \u00e0 la colistine<\/b><\/span><\/h3>\n

Il est important de souligner l\u2019importance du choix de la m\u00e9thodologie utilis\u00e9e au laboratoire pour tester la sensibilit\u00e9 in vitro<\/i> de la colistine. Il est notoirement reconnu que des variations nationales\/r\u00e9gionales des taux de r\u00e9sistance observ\u00e9s peuvent \u00eatre expliqu\u00e9es en partie par des diff\u00e9rences m\u00e9thodologiques utilis\u00e9es dans les diff\u00e9rentes \u00e9tudes. Il est actuellement recommand\u00e9 de ne plus \u00e9valuer la sensibilit\u00e9 \u00e0 la colistine par des m\u00e9thodes de diffusion en milieu solide (disques ou bandelettes par gradient de diffusion de type E-test ou analogues). En effet, de par leur haut poids mol\u00e9culaire les polymyxines diffusent mal dans les milieux g\u00e9los\u00e9s, ne permettant donc pas une bonne estimation de la sensibilit\u00e9 de la colistine. La m\u00e9thode de r\u00e9f\u00e9rence pr\u00e9conis\u00e9e par les soci\u00e9t\u00e9s savantes (tant EUCAST que CLSI) pour \u00e9valuer la sensibilit\u00e9 des bact\u00e9ries aux polymyxines est la m\u00e9thode de dilution en milieu liquide (macro- ou microdilution) (<\/span>http:\/\/www.eucast.org\/fileadmin\/src\/media\/PDFs\/EUCAST_files\/General_documents\/Recommendations_for_MIC_determination_of_colistin_March_2016.pdf<\/span>).
<\/span>En 2017, les valeurs de breakpoints cliniques ont \u00e9t\u00e9 harmonis\u00e9es pour les diff\u00e9rents groupes de bact\u00e9ries (Ent\u00e9robact\u00e9ries, Pseudomonas aeruginosa<\/i>, Acinetobacter <\/i>spp.) et sont maintenant identiques pour les deux principaux r\u00e9f\u00e9rentiels (EUCAST et CLSI) (Cf. Table 1). A noter cependant, que le CLSI\u00a0 <\/span>ne d\u00e9finit toujours pas de valeurs de breakpoints cliniques \u00e0 la colistine pour les ent\u00e9robact\u00e9ries mais propose seulement des valeurs seuils (cut-off) \u00e9pid\u00e9miologiques (ECV) sp\u00e9cifiques et ce pour certaines esp\u00e8ces uniquement (cf. Table 1). Les valeurs seuils (S et R) exprim\u00e9s en diam\u00e8tres sont par ailleurs supprim\u00e9es tant pour le CLSI que pour EUCAST.
Enfin, l\u2019EUCAST recommande d\u2019utiliser comme contr\u00f4le de qualit\u00e9 pour tester la colistine l\u2019inclusion de deux souches sensibles (E. coli<\/i> ATCC 25922 et P. aeruginosa<\/i> ATCC 27853) ainsi que celle d\u2019une souche de r\u00e9sistante \u00e0 la colistine (E. coli <\/i>NCTC13846) et productrice de MCR-1.

Table 1. Concentrations critiques pour la colistine selon les recommandations de l\u2019EUCAST et du CLSI<\/i><\/span><\/p>\n

\"\"<\/p>\n

\u2020Pas de breakpoint cliniques pour le CLSI mais seulement valeurs de cut off \u00e9pid\u00e9miologiques (ECoff); s\u2019appliquent de mani\u00e8re sp\u00e9cifique \u00e0 certaines esp\u00e8ces uniquement (E. aerogenes, E. cloacae, E. coli, K. pneumoniae) <\/span><\/p>\n

La m\u00e9thode de r\u00e9f\u00e9rence de microdilution en bouillon (Standard ISO 20776-1) n\u2019\u00e9tant pas utilisable en routine dans les laboratoires cliniques, diff\u00e9rentes m\u00e9thodes alternatives ont \u00e9t\u00e9 \u00e9valu\u00e9es pour tester la sensibilit\u00e9 \u00e0 la colistine.
<\/span>Les m\u00e9thodes de diffusion en g\u00e9lose (disques, gradient de diffusion en bandelette) donnent fr\u00e9quemment des r\u00e9sultats erron\u00e9s avec non d\u00e9tection de souches r\u00e9sistantes (fausses sensibilit\u00e9s et erreurs tr\u00e8s majeures) jusque dans 20 \u00e0 30% des cas par rapport \u00e0 la d\u00e9termination des CMI par m\u00e9thode de microdilution. Des syst\u00e8mes de microdilution \u00ab pr\u00eats \u00e0 l\u2019emploi \u00bb utilisant soit des gammes de concentrations pr\u00e9d\u00e9finies de plusieurs antibiotiques lyophilis\u00e9s dont la colistine (plaques de 96 multi-puits [Sensititre, Thermofisher Scientific, UK]), soit des barrettes contenant des concentrations de colistine seule (MICRONAUT MIC-Strip [Merlin Diagnostika ,Germany] ou le syst\u00e8me UMIC [Biocentric, France]) sont actuellement disponibles dans le commerce.
Dans une \u00e9tude r\u00e9cente (Hindler JA, Humphries RM.,\u00a0 <\/span>J Clin Microbiol 2013), le syst\u00e8me Sensititre\u00ae donnait d\u2019excellent r\u00e9sultats pour la colistine, les r\u00e9sultats \u00e9tant corr\u00e9l\u00e9s \u00e0 la m\u00e9thode de r\u00e9f\u00e9rence par microdilution dans 95% des cas (concordance cat\u00e9gorielle de r\u00e9sultats S\/I\/R) sans aucun r\u00e9sultat faussement sensible pour des souches r\u00e9sistantes (absence d\u2019erreurs tr\u00e8s majeures).
Les syst\u00e8mes commerciaux sous forme de barrette unique (tels que MICRONAUT MIC-Strip, ou UMIC) comprennent chacun une large gamme de concentrations de colistine seule (de 0.06 \u00e0 64 \u00b5g\/ml) et s\u2019av\u00e8rent d\u00e8s lors tr\u00e8s pratiques pour confirmer les r\u00e9sultats obtenus pour la colistine \u00e0 partir de la m\u00e9thode utilis\u00e9e en routine. Comme pour la m\u00e9thode Sensititre\u00ae les r\u00e9sultats de CMI sont obtenus apr\u00e8s incubation pendant 18-24 h \u00e0 35\u00b0C et sont aussi bien corr\u00e9l\u00e9s avec ceux de la m\u00e9thode de r\u00e9f\u00e9rence par microdilution. Une \u00e9valuation r\u00e9cente r\u00e9alis\u00e9e dans notre laboratoire sur un total de plus de 100 souches d\u2019Ent\u00e9robact\u00e9ries (dont plus de la moiti\u00e9 \u00e9taient r\u00e9sistantes \u00e0 la colistine) a montr\u00e9 pour ces deux tests une excellente corr\u00e9lation par rapport aux r\u00e9sultats obtenus avec le Sensititre\u00ae (utilis\u00e9 comme m\u00e9thode de r\u00e9f\u00e9rence), une concordance cat\u00e9gorielle \u00e9tant observ\u00e9e dans 95-100% des cas et quasi absence de r\u00e9sultats faux sensibles pour les souches d\u2019ent\u00e9robacteries. A noter que des r\u00e9sultats invalides, non interpr\u00e9tables (pr\u00e9sence de \u00abskip wells\u00bb, c.\u00e0.d: croissances paradoxale de la souche dans des puits isol\u00e9s de concentrations plus \u00e9lev\u00e9es avec inhibition de croissance \u00e0 concentration plus faible) sont rarement observ\u00e9s par ces diff\u00e9rentes m\u00e9thodes commerciales (dans 1-3% des cas) et n\u00e9cessitent dans ces cas de r\u00e9p\u00e9ter le test.
Les syst\u00e8mes automatis\u00e9s (VITEK2, Phoenix, Microscan) n\u2019ont pas fait l\u2019objet d\u2019une validation FDA pour tester la colistine et il n\u2019existe que tr\u00e8s peu de donn\u00e9es dans la litt\u00e9rature concernant leur performance pour cet antibiotique. Une \u00e9tude d\u00e9j\u00e0 ancienne rapporte une faible sensibilit\u00e9 pour la d\u00e9tection de r\u00e9sistance \u00e0 la colistine avec le syst\u00e8me VITEK2 (Tan TY et al., Clin Microbiol Infect 2007<\/i>).\u00a0 <\/span>Une \u00e9tude plus r\u00e9cente rapporte \u00e9galement un taux de r\u00e9sultat faussement sensible de l\u2019ordre de 15% pour la d\u00e9tection de la r\u00e9sistance \u00e0 la colistine par le syst\u00e8me Phoenix (Poirel et al., Clin Microbiol Rev. 2017<\/i>). A noter que les souches pr\u00e9sentant une r\u00e9sistance plasmidique \u00e0 la colistine de type MCR-1 semblaient cependant bien d\u00e9tect\u00e9es dans cette \u00e9tude.
En l\u2019\u00e9tat et dans l\u2019attente de r\u00e9sultats d\u2019autres \u00e9tudes, il para\u00eet souhaitable en cas d\u2019utilisation de syst\u00e8me automatis\u00e9 de confirmer le r\u00e9sultat de la sensibilit\u00e9 \u00e0 la colistine par une autre m\u00e9thode (en microdilution \u00e0 l\u2019aide d\u2019un test commercial) surtout dans les situations o\u00f9 une indication th\u00e9rapeutique de la colistine est pos\u00e9e.
Un nouveau test \u00ab Rapid Polymyxin NP\u2122 \u00bb introduit sur le march\u00e9 par la soci\u00e9t\u00e9 ELITech Group permet \u00e9galement de d\u00e9tecter en 2-4 heures les souches r\u00e9sistantes \u00e0 la colistine, quels que soient l\u2019esp\u00e8ce d\u2019ent\u00e9robact\u00e9rie test\u00e9e ou le m\u00e9canisme mol\u00e9culaire \u00e0 l\u2019origine de la r\u00e9sistance. Le principe de ce test est bas\u00e9 sur la d\u00e9tection de la m\u00e9tabolisation du glucose li\u00e9e \u00e0 la croissance bact\u00e9rienne en pr\u00e9sence d\u2019une concentration d\u00e9finie (2 \u00b5g\/ml) de colistine. Ce test n\u2019est donc applicable que pour les ent\u00e9robact\u00e9ries (mais pas pour les non-fermentants). La croissance bact\u00e9rienne est mise en \u00e9vidence par un changement de couleur (jaune\/orange) d\u2019un indicateur de pH. Les \u00e9tudes pr\u00e9liminaires montrent une bonne corr\u00e9lation des r\u00e9sultats avec la m\u00e9thode de r\u00e9f\u00e9rence (sensibilit\u00e9 >95% ; sp\u00e9cificit\u00e9 : 99%). Ce test facile \u00e0 mettre en \u0153uvre dans un laboratoire clinique devrait d\u00e8s lors \u00e9galement permettre\u00a0 <\/span>de confirmer rapidement (2-4h au lieu de 18-24 h par rapport aux autres m\u00e9thodes microbiologiques) la sensibilit\u00e9 ou la r\u00e9sistance \u00e0 la colistine chez les ent\u00e9robact\u00e9ries \u00e0 partir d\u2019un antibiogramme standard.
Les m\u00e9thodes mol\u00e9culaires ne sont pas recommand\u00e9s pour d\u00e9tecter la r\u00e9sistance \u00e0 la colistine compte tenu de la multiplicit\u00e9 des m\u00e9canismes de r\u00e9sistance, du niveau d\u2019expression tr\u00e8s variable des g\u00e8nes chromosomiques codant pour des prot\u00e9ines impliqu\u00e9es dans la synth\u00e8se du LPS, de la difficult\u00e9 qu\u2019il y a \u00e0 corr\u00e9ler le polymorphisme g\u00e9n\u00e9tique tr\u00e8s fr\u00e9quemment observ\u00e9 dans les g\u00e8nes (mutations ponctuelles) avec la r\u00e9sistance. Cependant il est possible de d\u00e9tecter qualitativement par des tests d\u2019amplifications mol\u00e9culaires des g\u00e8nes codant pour la r\u00e9sistance plasmidique de type MCR (mcr-1\/mcr-2). Plusieurs tests commerciaux sont actuellement disponibles et autorisent une d\u00e9tection rapide de la r\u00e9sistance MCR directement \u00e0 partir d\u2019\u00e9chantillons cliniques ou pour confirmation sur culture bact\u00e9rienne. Notre laboratoire peut confirmer la r\u00e9sistance \u00e0 la colistine et le niveau des CMI par m\u00e9thode de microdilution et peut aussi d\u00e9tecter la la r\u00e9sistance plasmidique MCR \u00e0 l\u2019aide d\u2019un test mol\u00e9culaire bas\u00e9 sur la technologie LAMP (p.ex : eazyplex\u00ae SuperBug mcr-1, Amplex, Germany). Ces tests sont r\u00e9alis\u00e9s quotidiennement\u00a0 <\/span>dans le cadre de l\u2019activit\u00e9 de routine de notre Centre National de R\u00e9f\u00e9rence (CNR).<\/p>\n

Performance des laboratoires de microbiologie en Belgique pour d\u00e9tecter la r\u00e9sistance \u00e0 la colistine<\/b><\/span><\/h3>\n

Dans le cadre d\u2019un contr\u00f4le externe de la qualit\u00e9 en 2017 (EEQ2017\/2), l\u2019Institut de Sant\u00e9 Publique a envoy\u00e9 \u00e0 tous les laboratoires belges un isolat de Klebsiella pneumoniae<\/i> (M\/1450<\/b>) r\u00e9sistante \u00e0 la colistine. Outre la r\u00e9sistance \u00e0 la colistine (CMI=16 \u00b5g\/ml), cette souche produisait une carbap\u00e9n\u00e9mase de type KPC-3 (Klebsiella pneumoniae<\/i> Carbapenemase, classe A de Ambler) et pr\u00e9sentait un caract\u00e8re de multir\u00e9sistance. Dans le cas pr\u00e9sent, la r\u00e9sistance \u00e0 la colistine n\u2019\u00e9tait pas de type MCR (souche n\u00e9gative pour mcr-1\/mcr-2<\/i>) mais elle \u00e9tait li\u00e9e \u00e0 la pr\u00e9sence d\u2019une mutation non-sens dans le g\u00e8ne chromosomique mgrB (r\u00e9gulateur n\u00e9gatif du syst\u00e8me \u00e0 deux composants PhoPQ) entra\u00eenant la synth\u00e8se d\u2019une prot\u00e9ine tronqu\u00e9e (Y41 codon stop).
<\/span>Bien que >95% des 105 laboratoires ayant r\u00e9pondu avaient correctement d\u00e9tect\u00e9 la r\u00e9sistance \u00e0 la colistine dans cette souche, on relevait que environ 30% d\u2019entre eux (notamment une proportion importante de laboratoires priv\u00e9s) ne testaient pas la sensibilit\u00e9 \u00e0 la colistine. La grosse majorit\u00e9 des laboratoires utilisaient comme seule technique leur m\u00e9thode de routine pour d\u00e9terminer la sensibilit\u00e9 \u00e0 la colistine sans confirmation par un autre test. En outre, un tiers des laboratoires ayant r\u00e9pondu avaient utilis\u00e9 comme technique d\u2019antibiogramme une m\u00e9thode de diffusion en g\u00e9lose (majoritairement E-test ou disques) qui n\u2019est actuellement plus recommand\u00e9e pour tester la colistine. Enfin, seuls 8 laboratoires rapportaient avoir utilis\u00e9 une m\u00e9thode de microdilution pr\u00e9conis\u00e9e pour la colistine tant par l\u2019EUCAST que par le CLSI. Ceci illustre bien la n\u00e9cessit\u00e9 de continuer \u00e0 informer et \u00e0 former les laboratoires afin d\u2019optimiser la surveillance et la d\u00e9tection de nouvelles r\u00e9sistances bact\u00e9riennes.<\/p>\n

Quelques articles de r\u00e9f\u00e9rence dont la lecture est recommand\u00e9e pour en savoir plus<\/b><\/span><\/h3>\n

Olaitan AO, Morand S, Rolain JM. Mechanisms of polymyxin resistance: acquired and intrinsic resistance in bacteria. Front Microbiol. 2014 Nov 26;5:643. doi: 10.3389\/fmicb.2014.00643. eCollection 2014. Review.<\/p>\n

Bialvaei AZ, Samadi KH. Colistin, mechanisms and prevalence of resistance. Curr Med Res Opin. 2015; 31: 707-21.<\/p>\n

Liu YY, Wang Y, Walsh TR et al. Emergence of plasmid-mediated colistin resistance mechanism MCR-1 in animals and human beings in China: a microbiological and molecular biological study. Lancet Infect Dis. 2016; 16: 161-8.<\/p>\n

Poirel L, Jayol A, Nordmann P. Polymyxins: Antibacterial Activity, Susceptibility Testing, and Resistance Mechanisms Encoded by Plasmids or Chromosomes.<\/p>\n

Clin Microbiol Rev. 2017; 30: 557-96.<\/p>\n

Dortet L, Bonnin R, Jousset A et al. Emergence de la r\u00e9sistance \u00e0 la colistine chez les ent\u00e9robact\u00e9ries : une br\u00eache dans le dernier rempart contre la pan-r\u00e9sistance. Journal des Anti-infectieux 2016; 18: 139-59.<\/p>\n

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La lutte contre les bact\u00e9ries multir\u00e9sistante (MDRO) constitue un en enjeu majeur de sant\u00e9 publique.<\/span><\/p>\n","protected":false},"author":2,"featured_media":2449,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"om_disable_all_campaigns":false,"_monsterinsights_skip_tracking":false,"_monsterinsights_sitenote_active":false,"_monsterinsights_sitenote_note":"","_monsterinsights_sitenote_category":0,"footnotes":""},"categories":[1],"tags":[],"class_list":["post-2438","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-non-classe"],"acf":[],"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.nosoinfo.be\/nosoinfos\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/2438","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.nosoinfo.be\/nosoinfos\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.nosoinfo.be\/nosoinfos\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.nosoinfo.be\/nosoinfos\/wp-json\/wp\/v2\/users\/2"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.nosoinfo.be\/nosoinfos\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=2438"}],"version-history":[{"count":7,"href":"https:\/\/www.nosoinfo.be\/nosoinfos\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/2438\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":2640,"href":"https:\/\/www.nosoinfo.be\/nosoinfos\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/2438\/revisions\/2640"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.nosoinfo.be\/nosoinfos\/wp-json\/wp\/v2\/media\/2449"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.nosoinfo.be\/nosoinfos\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=2438"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.nosoinfo.be\/nosoinfos\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=2438"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.nosoinfo.be\/nosoinfos\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=2438"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}